Terminati gli studi a Parigi, Ivan giunge, nell'autunno del 1922 a Zagabria, dove, come abbiamo detto, si erano trasferiti i genitori; qui trascorse il resto della sua vita, sei anni per l'esattezza, fino al 1928. Un anno dopo il suo arrivo, vale a dire nel 1923, si laureò in letteratura francese presso la facoltà di filosofia dell'Università di Zagabria. Già da un anno aveva trovato impiego come professore di francese e tedesco nel ginnasio arcivescovile della città, impiego che mantenne fino all’ultimo. Il suo arrivo a Zagabria non passò inosservato perché negli ambienti cattolici si notò subito che un uomo nuovo era apparso all'orizzonte, come scrisse nella sua biografia Marica Stankovic. Un uomo la cui fede non era qualcosa di consuetudinario, ma vita vissuta e il cui impegnano apostolico non era niente per nulla superficiale, ma dedizione convinta senza risparmio di forze. Un uomo cosciente di ciò che voleva raggiungere e che si era imposto un programma da realizzare. "La fede cattolica è la mia vocazione totale", aveva scritto alla madre da Parigi. Questa vocazione la realizzerà al di là di ogni aspettativa suscitando ammirazione e stupore in quanti gli furono vicino. A Zagabria Ivan visse appena sei anni, ma furono sufficienti per lasciare un'impronta indelebile nella vita cattolica del paese, perché egli fu una luce abbagliante i cui raggi arrivano fino a noi. Ma cosa lo ha distinto in questi sei anni a Zagabria? Ecco: un amore senza limiti verso Dio e il prossimo. Egli visse eroicamente il duplice comandamento cristiano dell'amore verso Dio e verso il prossimo, giorno per giorno fino all'ultimo istante quando offre la sua vita a Dio per il bene della gioventù croata alla quale lasciava il modello della sua vita integerrima, casta e pura.

In apparenza la vita di Ivan Merz non era stata dissimile da quella dei suoi colleghi sia di lavoro che di apostolato. Eseguiva coscienziosamente il suo incarico di professore e dedicava il tempo libero all'apostolato tra le file dei movimenti giovanili cattolici. Ma anche tanti suoi compagni eseguivano altrettanto fedelmente i propri doveri professionali ed erano impegnati in campo apostolico. In Ivan c'era però qualcosa di speciale, d’unico che colpiva, ed era la luce soprannaturale che s'irradiava dalla sua anima. Egli era pieno di Dio che si serviva di lui per dar prova della sua presenza. Chiunque avvicinava Ivan Merz rimaneva avvinto dal suo fascino inspiegabile che colpiva  anche i suoi più accaniti oppositori come vedremo più avanti.

La sua vita era, in effetti, preghiera continua che lo spingeva a un totale abbandono a Cristo e agli interessi del suo Regno. Nella preghiera attingeva la forza sia per la propria santificazione, come per l'attività apostolica. Momento centrale della sua vita di preghiera era la S. Messa con la Comunione quotidiana nella basilica del S. Cuore a Zagabria. Recitava spesso il breviario. Ogni giorno faceva la meditazione di tre quarti d'ora, secondo le indicazioni fornitegli da un sacerdote di Bolzano conosciuto in tempo di guerra. Altro punto fermo della sua vita di preghiera era la recita quotidiana del S. Rosario. Alcune volte a settimana praticava anche la pia pratica della Via Crucis nella basilica del S. Cuore. Vi si recava nelle prime ore del pomeriggio in maniera da non essere disturbato e passare altresì inosservato. Ogni volta che gli era possibile si soffermava in adorazione davanti al Tabernacolo. Ivan non era però solo uomo di preghiera, ma anche apostolo della preghiera sia con la parola che con gli scritti. In molti articoli pubblicati in diversi giornali esortava i lettori alla vita spirituale. Invitava alla preghiera tutti i suoi amici e collaboratori. Nel suo quartiere aveva organizzato un circolo di vita spirituale dove istruiva gli studenti sul modo di pervenire a un’unione più profonda con Dio. Paragonava l'anima al tempio di Salomone. L'ornamento sono le virtù cristiane e la grazia santificante, che deve sempre più aumentare in noi. Invitava quindi i giovani ad eliminare ed evitare tutto ciò che potesse rendere brutto e sporco il tempio della nostra anima. In un punto insisteva molto: la preghiera non deve essere una specie di commercio con Dio, come per molti cristiani che si rivolgono a Lui solo nel bisogno.

Ivan era ovviamente per gli altri un modello di preghiera. Il suo modo di pregare era libero e spontaneo, semplice e profondo insieme, tale insomma da suscitare ammirazione e imitazione.

Tutto il tempo libero egli lo dedicava all'apostolato tra le file della gioventù cattolica.

Appena giunto a Zagabria nel 1922, era stato eletto presidente della Lega della gioventù cattolica (Omladinski Katolicki Savez). L'anno seguente l'associazione si trasformò nella "Lega aquilina croata" (Hrvatski Orlovski Savez) ed Ivan ne diventò vicepresidente e segretario, incarichi che mantenne sempre. In questo sodalizio, che costituiva  la branca giovanile, distinta nei rami maschile e femminile, del più Ampio Movimento Cattolico Croato sul quale ci soffermeremo più avanti, Ivan svolse con frutto il suo intenso apostolato fra la gioventù . E fu in seno ad esso che gettò le basi per la fondazione in Croazia dell'Azione Cattolica che vedrà tuttavia la luce solo dopo la sua morte. La sua milizia nella "Lega aquilina croata" gli causò non poche incomprensioni e amarezze da parte dei responsabili del menzionato Movimento Cattolico Croato, raggruppati nel cosiddetto Seniorato, del quale lo stesso Merz faceva parte. Ma prima di sviluppare più ampiamente questi fatti soffermiamoci sulle caratteristiche fondamentali della spiritualità di Ivan Merz.