W lutym 1916 roku Jan odchodzi do wojska. Przez osiem tygodni przyucza się do życia wojskowego w Lebringu k. Graza. Następnie zostaje wysłany do Graza i Słoweńskiej Bystrzycy na dalsze ćwiczenia wojskowe. Po zdaniu egzaminu oficerskiego odchodzi do Seewiesen, gdzie uczestniczy w kursie narciarskim. W styczniu 1917 r.jako kadet – aspirant odchodzi z grupom przydzielonych mu żołnierzy w kierunku Bozena i Arsiera. Jego zadaniem było prowadzić drużyny wojskowe na linie frontowe i z powrotem.Brał udział we wszystkich ofensywach na włoskim froncie. Na froncie włoskim zostaje do zakończenia wojny.
Jak Jan przeżywał wojnę i jej okropności, najlepiej widzi się z jego pamiętnika,którego udało mu się prowadzić i na froncie. No,jedno jest pewne: codziennie patrząc śmierci w oczy,narażony na cierpienia każdego rodzaju,jego się światopogląd pogłębił. Wątpliwości i wahania znikają w spotkaniu z cierpieniem i śmiercią. Chrześcijaństwo objawia się Janowi jako jedyna wartość,która zwycięża wszystko zło,jakie on wokół siebie widział i przeżywał. Od tej chwili chrześcijaństwo wstąpi na pierwsze miejsce w Janowej duszy,a świat umiejętności pozostanie na zapleczu. W Janie i nadal obecna jest wielka dążność do świętości i doskonałości chrześcijańskiej.
Pod koniec wojny Jan pisze swemu ojcu te znamienne słowa: „wdzięczny jestem Bogu za to,że byłem na wojnie. Wojna wiele mnie nauczyła,co w przeciwnym razie nigdy bym nie zaznał. Żywo pragnę stać się znowu wolnym i swoje życie uporządkować w tym kierunku co zaznałem,że jest prawdziwe.” –
Janowe notatki w pamiętniku obfitują potępieniami wojny. Nigdzie,ani w pamiętniku,ani w jego korespondencji nie widzi się,żeby osobiście używał broni i zgrzeszył przeciw V Przykazaniu Bożemu.
Okres wojenny uważa się jednym z najciekawszych rozdziałów jego pamiętnika.
Graz,18.III.1916 r. – Jest wielkim prawdopodobieństwem,że i ja pójdę na front. Szczerze mówiąc ja się śmierci nie boję,bo prawdziwe królestwo jest tam na górze. Tylko jeszcze nie zgodziłem sie z ta myślą,iż ja naprawdę tam pójde i nie jestem sobie świadom,że prowadzę cnotliwe życie. Wszak,od kiedy jestem w wojsku,przerwałem łączność z Nim. Nie myślałem o tym co mógłbym na sobie poprawić i nie jestem z tym na czysto czy ja naprawdę jestem w służbie dobrej sprawy………….Wszak,zawsze byłem przeciw wojnie. Wszystkich ludzi najchętniej uściskałbym i pojednał między sobą,a teraz mam ich zabijać.
Graz, 27.III.1916r. -No, największą jest męką to, że nie znalazłem ani jednej okazji do uczestnictwa we Mszy Świętej. Nonsens! Należało ofiarować się i znalazła by się okazja. Akurat teraz potrzebuję siły duchowej, potrzebuję czerpać z niewysychającego źrodła Miłości, z tamtej przepotężnej mocy Eucharystii, która napełnia duszę oświetleniem, która jaśniejsza jest od dnia, która je przemienia w wewnętrzne zadowolenia, która uspokaja w uczuciu czegoś nieznanego i niezmiernego. Silnie, przepotężnie chciałbym znowu ku temu źródłu. O, Deus, adiuva me ! ( o, Boże, pomóż mi ! ).
Zingarella, 18.V.1917 r. – Ból, cierpienie, spojrzenie na tyle tysięcy zniekształconych, martwych i umęczonych ludzi, niewątpliwie pierze z człowieka wszystko przemijające i z wielką energią sugeruje mu wprost sens życia. To mało bólu co przecierpiałem, ten pierwszy strach przed kulami karabinowymi i pociskami działowymi w drodze do brygady, przypominały mi zawsze słowa Pana : „ co się boicie, czy jeszcze nie wierzycie ? ”. I po co się bać ? Ta ON na górze już wie co się stanie ze mną ! ON mnie niezmiernie kocha, ON wie czy dla mnie jest lepiej abym zginął lub abym nadal żył. I dlaczego się bać skoro ON wyznacza moje drogi !Trzeba żyć i Jego wiecznie wielbić i nie troszczyć się o niebezpieczeństwo śmierci. Co jest życie ? Przed kilkoma dniami jeden leżał przy cmentarzu. Przewrócił się i leży jak kłoda, jakby nigdy i nie żył. Czy wtedy jest używać, popuścić namiętności ? Dziwnego mi sensu skoro ze śmiercią wszystko się kończy.
Dlaczego we mnie jest aż takie pragnienie za udoskonaleniem samego siebie, za zbliżeniem z Tym Największym, dlaczego jakaś nadprzyrodzona siła zawsze mi mówi : zachowaj post, nie jedz za dużo – zbyt wiele, bądź nadczłowiekiem ?!
Monte Rasta, 5.X.1917 r. – Gonią mnie pragnienia, podkopuje mnie walka i niestałość. Kiedy wreszcie nadejdzie czas,gdy już nie będzie żadnej odrazy, żadnej nocy i żadnego grzechu? Kiedy przyjdzie czas wiecznej chwały,wiecznego zbawienia? Kiedy oglądać będziemy Baranka Zmartwychwstałego i blask Jego wiecznie-pięknej Matki,który rozciąga się ponad wszystkimi światami? Kiedy, kiedy będziemy zjednoczeni w śpiewie chorów niebieskich, kiedy zgubimy się w wiecznym śpiewie Święty,Święty,Święty, owinięci Boskim blaskiem !
Fonzaso, 5.II.1918 r. – Pana Boga nigdy nie zapomnieć ! Nieustannie dążyć ku zjednoczeniu z Nim. Każdy dzień – najlepiej świt – wykorzystać jedynie na rozważanie i modlitwę, w miarę możliwości w pobliżu Eucharystii lub na Mszy Świętej. Ta godzina powinna być źródłem dnia, w tym czasie człowiek musi zapomnieć o całym świecie, musi odrzucić wszystkie troski światowe, całą nerwowość życia, aby stać się spokojnym jak w kolebce. W tej godzinie muszą stworzyć się plany na dzień następny. Tu rozważa się o własnych błędach i peosi się o łaskę, aby pokonać wszystką słabość. Byłoby strasznie, gdyby ta wojna nie przyniosła dla mnie żadnej duchowej korzyści. Nie wolno mi tak żyć jak żyłem przed wojną. Muszę rozpocząć nowe, odrodzone życie w duchu nowo-zapoznanego katolicyzmu.
Pan jedyny niech mi pomoże, bo człowiek sam od siebie nic nie może.
Wiedeń, 9.IV.1918 roku. A kim ja będę ? Jest to ciężkie pytanie, które mnie dręczy już od dłuższego czasu. Interesuje mnie literatura i sztuka, chociaż obecnie w tym się tyle nie rozkoszuję …….. Na tym świecie jesteśmy tylko prowizorycznie ……….. , za chwilę już nas tu nie ma. To życie tylko tyle ma sensu, ile jest przygotowaniem do drugiego. Tak samo jest i z życiem narodów i ludzkości …………….Prawdą jest, iż literatura to nie wszystko. Literatura, sztuka są tylko datalami w tym wielkim dziele: Królestwie Bożym. Przed Bogiem wszystkie zawody mają jednakową wartość. Należy tylko pracować zgodnie z Jego Wolą ………… Stać się praktykującym katolikiem – musi być moim celem ……. Boże mój, oświeć mnie, abym rychło doszedł do mocnej decyzji ! Niech się wszędzie dzieje Wola Twoja, ponieważ tu jesteśmy tylko podróżnymi, a w naszej prawdziwej Ojczyźnie nie będzie się pytało czy byłem profesorem czy murarzem. Ale należy być kimś.
Fontanel, 20.V.1918 r. – Sanitariusze przenieśli obok okna na noszach krwią oblanego kucharza. pokryty jesy kocem. Twarz ma czerwoną, czerwoną, czerwoną, – krew, krew. krew, a rysy twarzy nie można rozpoznać. Misterium vitae – człowiek krwią oblany. Od Adama po dzień dzisiejszy miliony ludzi to przecierpieli i cierpieć będą aż do Sądu Ostatecznego.
Fontana Secca, 28.V.1918 r. – Królowa Maja ( miesiąca maja ) niech mi przebaczy, że o niej tak rzadko pamiętam. Boże,Boże, więcej mistycznego świata !
Solarol, w bunkrze, 13.VII.1918 r. – Przed kilkoma dniami widziałem kapłana. Najchętniej ucałowałbym ręce, które trzymały Chrystusa ……… O, Boże, gdybym już był u Ciebie ! Najlepiej byłoby, abyś płomieniem Miłosierdzia swego spalił pasożytów grzechu, które wkręciły się w moją duszę, abym dobry i świety wstąpił w Ciebie, – lub chociaż abym w życiu był natchniony świętą radością i nadludzką wolą.
Łatwo jest pisać, ale ciężko jest żyć świętobliwie.