Odmah nakon svetačke smrti Ivana Merza, 10. V. 1928., mnogi su počeli posjećivati njegov grob i preporučivati mu se u zagovor u svojim potrebama. Tako se počelo širiti njegovo štovanje. Već tjedan dana nakon smrti, 17. V. 1928. bila je sastavljena prva molitva s njegovim spomenom, a potom su slijedile ostale kojima se molilo od Boga uslišanje u potrebama po zagovoru Ivana Merza. Neke od tih molitvi dobile su crkveno odobrenje. Ovdje donosimo tri takve molitve koje se mogu moliti i sada nakon njegove beatifikacije.
1. Molitva
Gospode Isuse Kriste, koji si, kako se ufamo, dušu vjernoga službenika svoga Ivana učinio dionikom života presvetoga Trojstva u nebeskoj slavi, molimo, da po njegovu primjeru, a po zagovoru svetog Ivana, apostola i evanđeliste, u nerazrješivoj zajednici sa svetom Katoličkom Crkvom i rimskim Papom živimo, radimo i trpimo za slavu i proširenje kraljevstva tvoga, koji živiš i kraljuješ s Bogom Ocem u jedinstvu Duha Svetoga, Bog, po sve vijeke vjekova. Amen.
S dopuštenjem Nadbiskupskog duhovnog stola u Zagrebu od 17. svibnja 1928., br. 5664.
2. Molitva
Svemogući vječni Bože, u Ivanu Merzu dao si nam divan primjer vjere i ljubavi prema Kristu i Crkvi. U svom kratkom životu Ivan je uz pomoć Tvoje milosti postigao mnoge vrline i potaknuo nas da nasljedujemo njegovu predanost u Tvoju svetu volju, strpljivost u podnašanju križeva svakodnevnog života, te nesebičnu ljubav prema bližnjemu. Njegov neumorni rad za proširenje Kristova Kraljevstva u dušama mladih mnoge je priveo Tebi koji jedini daješ čovjeku pravi smisao života. Uvjereni da Ti je Ivan svojim svetim životom omilio, molimo Te da ga se udostojiš proslaviti čašću oltara kako bi njegov primjer pomogao ljudima na putovanju prema nebeskoj domovini. Udijeli nam milost da nasljedujemo čvrstoću njegove vjere, nesebičnost njegove ljubavi, te apostolsku revnost da se tako približimo idealu kršćanske savršenosti koji nam je on svojim životom pokazao. Njegovim zagovorom udijeli mi posebnu milost za koju te sada molim…. ako je to na korist mojoj duši, a Tebi na slavu. Po Kristu Gospodinu našemu. Amen!
Imprimatur. Br. 1415. – Zagreb 25. VII. 1979. – Nadbiskupski duhovni stol. Dr. Josip Lach, biskup.
3. Molitva
Svemogući vječni Bože, u Ivanu Merzu dao si nam divan uzor kršćanskih vrlina. Svojim svetim životom on nam je pokazao kako se uz pomoć Tvoje milosti i u laičkom staležu može postići svetost života. Pomozi nam da ohrabreni njegovom ljubavlju prema Kristu i Crkvi idemo putem svetosti i nasljedujemo njegovu apostolsku revnost u širenju Tvoga Kraljevstva. Po njegovu zagovoru udijeli mi posebnu milost za koju te sada molim… ako je to na korist mome vječnom spasenju, a Tebi na slavu. Po Kristu Gospodinu našemu. Amen!
Ovu je molitvu sastavila Postulatura prigodom beatifikacije bl. Ivana Merza 2003. a prikladna je za obavljanje devetnice.