Rat iako očekivan od mnogih, započinje ipak iznenadno za sve. Tog jutra dolazi obitelji Malinar susjed gospodin Sekler zadužen u Civilnoj zaštiti, da uputi kako treba u podrumu urediti sklonište, te kako pred podrumskim prozorom treba postaviti sanduk s pijeskom, a na kućnom zidu iznad tog prozora nacrtati crveni krug sa strelicom prema dolje, koji upućuje da je tu sklonište. Ugledna židovska obitelj u neposrednom susjedstvu počinje pakirati najnužnije i s nekoliko kofera napušta prelijepo opremljenu moderno građenu kuću u njihovom vlasništvu i svu opremu u njoj, te bježi pred Nijemcima. Već 10. travnja njemačka vojska ulazi u Zagreb, a Hrvatska proglašava samostalnost od Jugoslavije. I u našoj Istarskoj ulici smješta se dio njemačkih vojnika i vojnih vozila.

       Kako je Hrvatska u Kraljevini Jugoslaviji bila u podređenom položaju u odnosu na Srbiju, što se očitovalo na svim razinama, a što nije mogao ublažiti ni prije dvije godine dobiven ustupak stvaranjem Banovine Hrvatske, Nijemci su dočekani kao oslobodioci. Ulice su uskoro bile prepune građanstva, koje je obasipalo cvijećem motorizirane kolone njemačkih vojnika. Na zgradama su spontano osvanule hrvatske zastave i većina puka je slavila i od veselja plakala, jer je vjerovala, da smo konačno dobili svoju neovisnu Hrvatsku državu. U to vrijeme se stvara Nezavisna država Hrvatska, sa svojom vladom i svojim vođom, tada nazvanim “Poglavnikom” dr. Antom Pavelićem.

1941.  Jerolim sa svojim najmlađim sinom miljenikom Hrvojem  u vrtu u Istarskoj ulici 39 (snimio Boris) 

            Tih dana stvaranja nove Hrvatske države i Jerolimu, kao istaknutom katoličkom djelatniku i organizatoru, te kao poštenom, pouzdanom i istinskom Hrvatu ponuđene su neke više političke funkcije u Ustaškom pokretu i u državnoj vlasti nove države, no on to odbija. Isto tako odbija sve ponuđene privilegije i razne povlastice.

     Poslije desetljeća jugoslavenskog terora nad Hrvatima, oduševljen stvaranjem samostalne države Hrvatske, kao što u to doba čini dio građana Hrvatske i katolika, tako i Jerolim stupa u Ustaški pokret (tada Hrvatsku političku stranku). Isto, kao što su to početkom  devedesetih prošlog stoljeća učinili mnogi građani Hrvatske stupivši u HDZ, kao pokret za Hrvatsku. No, u to vrijeme Jerolim prihvaća, da uz redovni posao u svojoj knjigovežnici volonterski radi posao koji voli, a to je da bude od koristi siromašnima i onima bez skrbnika. Tako postaje Pobočnikom za socijalnu skrb u Ustaškom Taboru za Črnomerec, koji obuhvaća cijeli zapadni dio grada Zagreba.     

       On se opet prihvaća onoga što je radio i u mladosti, a to je baviti se humanitarnim radom i u teškim ratnim vremenima koja ubrzo nastupaju, pomoći svima onima kojima je ta pomoć potrebna bez obzira na njihovu nacionalnost i vjeru.

                                       Pismo zahvale  gospođe Zlate Sufflay  za pruženu pomoć

              Početni zanos za slobodnom Hrvatskom ubrzo je splasnuo, kada je puk saznao, da je ta tzv. sloboda plaćena ustupanjem Hrvatskog priobalja Talijanima, a zatim, da to nije uopće nikakva samostalnost, jer pola Hrvatske pod svojom šapom drže Talijani, a drugu polovicu Nijemci i da mi Hrvati ne možemo ništa bez njihovog odobrenja, a moramo provoditi sve što nam se naredi s njihove strane. Ubrzo počinju progoni Židova diktirani Njemačkim rasnim zakonima, koji se moraju provoditi i na našem tlu pod Njemačkom vojnom jurisdikcijom, a potom počinje sve veći otpor Srba u Hrvatskoj, koji se ne mogu pomiriti s time, da budu u nekom podređenom položaju u toj novoj državi. To koristi komunistička partija, koja na dan napada Njemačke na Sovjetski savez (SSSR)  22. lipnja 1941. godine poziva sve simpatizere na opći ustanak. Tako dolazi do sve većeg otpora, dizanja pruga, mostova i vlakova eksplozivom u zrak, a potom slijede odmazde, a to znači kažnjavanje smrću (vješanjem ili strijeljanjem) talaca. I kako su pravi počinitelji nedostupni (jer su u šumi) to plaćaju oni ugledni i poznati lijevo orijentirani hrvatski intelektualci, koji čame u zatvorima zatvoreni još u doba stare Jugoslavije, zatvoreni kao komunisti ili simpatizeri komunista. 

       Kako je Jerolim tada imao najveću zbirku odlikovanja i medalja u Zagrebu i u Hrvatskoj, njegovi sve češći gosti na početku stvaranja nove države bili su subotom poslije podne visoki časnici iz Hrvatskog domobranstva (npr. Generali Slavko Štancer i Ivan pl. Perčević, te zrakoplovni pukovnik Jakov pl. Machiedo i drugi), jer su radili na pripremi novih Hrvatskih odlikovanja i medalja, te su ih posebno zanimala Austro-ugarska odlikovanja i medalje, potom Njemačka i ostala. Kasnije su dolazili u posjet, da vide njegovu poznatu zbirku, dobitnici visokih hrvatskih i njemačkih odlikovanja, a posebno viteškog reda (razni visoki ustaški i domobranski časnici, kao i njemački konzul – veleposlanik za Hrvatsku). 

   Jerolim je za svoju zbirku dao prema svojim crtežima izraditi plitke ladice (50 ladica), koje je posebnim vodilicama smjestio u stari ormar bidermajerskog stila (stil kućnog namještaja nastalog u Srednjoj  Europi početkom 19. stoljeća). Ladice su imale plitke politirane okvire, a na podlogu je stavljen tamno zeleni samt. Tako su odlikovanja i medalje na ovoj podlozi dolazila još više do izražaja.

    Na prednjem dijelu svaka ladica imala je metalni okvirić u koji je bio umetnut natpis države i reda odlikovanja, kojeg  je on sam napisao. Odlikovanja su u njima bila složena pregledno po državama, redovima i stupnjevima. Jerolim se kao sakupljač sve više usmjerio na skupljanje starih odlikovanja i medalje, te je uz to prikupljao i stručnu literaturu o odlikovanjima i pravio svoje bilješke o odlikovanjima.

1944. Jerolim s najmlađim sinom Hrvojem ispred ormara s odlikovanjima  
1944. Prva stranica Jerolimove knjižice tiskane pod naslovom “Hrvatska odlikovanja

         Stvaranjem Hrvatske države, dolazi i do stvaranja hrvatskih odlikovanja i medalja.   Stoga se Jerolim kao dobar poznavalac tog područja s velikim veseljem prihvaća posla da napiše tekst o našim hrvatskim odlikovanjima. Tako je njegova knjižica “Hrvatska odlikovanja” tiskana kao poseban otisak katoličkog godišnjaka DANICE za 1943. godinu u izdanju “Društva svetog Jeronima” u Zagrebu.                                   

            Istovremeno je radio na pripremi opsežnije knjige o Hrvatskim odlikovanjima (koja je nažalost zbog ratnih i zatim poratnih okolnosti ostala u rukopisu).

      Jerolim  Malinar :  HRVATSKA ODLIKOVANJA  (1944.)

            U sadržaju rukopisa predviđeno je deset poglavlja od čega se sačuvalo samo ovo:

                                  –  Uvod  (2 str.)

                                  –  Poviest redova  (43 str.)

                                  –  Početci hrvatskih odlikovanja  (3 str.)

                                  –  Obilježja i izvedba hrvatskih odlikovanja (7 str.)

                                  –  Hrvatska odlikovanja  (5 str.)

                                  –  Hrvati kao nosioci visokih odlikovanja (7 str.)

                                  –  Redovi u Hrvatskoj  (5 str.)

                                  –  Zaključak  (1 str.)

                                  –  Sadržaj      (2 str.) 

      Kod njegovog najstarijeg sina pohranjeno je samo 75 stranica (kartica) Jerolimovog rukopisa pisanog pisaćim strojem. Neki dijelovi rukopisa nedostaju i ne zna se, da li su izgubljeni ili namjerno izdvojeni.  

      Taj rukopis mu je uručio rođak dr. Veljko Malinar (sakupljač odlikovanja), koji je do njega došao putem svojih veza (Jerolimov rukopis se je nalazio u Muzeju revolucije, na Trgu hrvatskih velikana, a sada ponovno nazvanim Trg žrtava fašizma). Očito prilikom konfiskacije Jerolimove imovine ovaj rukopis se nalazio u njegovoj osobnoj arhivi uz ostale materijale i dokumentaciju u njegovoj kancelariji u Trenkovoj ulici (u radnji), te je kasnije izdvojen i pohranjen u arhivu Muzeja revolucije.

            Poslije brzog pada (kapitulacije) Jugoslavije, ovdje se nastavlja sve krvaviji rat i obračuni, posebno u našim krajevima s miješanim stanovništvom.

       Jerolimovog najstarijeg sina zanimale su prirodne znanosti i tehnika, te si je te ratne 1943. godine počeo opremati kemijski laboratorij. Jerolim mu je u to vrijeme rekao; «Sine vidim da te posebno zanimaju prirodne znanosti i tehnika, da si želiš kupiti kemikalije, pribor, knjige i razna pomagala, kako bi izvodio razne pokuse. To je lijepo, ali ti si svojim radom trebaš sam zaraditi novac za kupnju tog pribora. Tada ćeš to više cijeniti». Jerolimov sin je tu pouku poslušao i tako uradio, jer ga je interes za ta područja neopisivo privlačio. Ta mudra očeva pouka ostala mu je duboko urezana u sjećanju za cijeli život. Boris se uključuje u Male Križare pri crkvi svetog Blaža, koje vodi Danijel Živković. Zatim pohađa tečaj za voditelje MK, te je po završetku tečaja u VKB-u zajedno s ostalim voditeljima imao čast da bude primljen kod zagrebačkog nadbiskupa, danas blaženog Alojzija Stepinca.

      U to vrijeme u Zagrebu su već povremeno zračne uzbune, kada saveznički avioni lete preko Zagreba prema Austriji. No, od početka 1944. godine to je svakodnevna pojava. Već od 11 sati prije podne, pa do 15 sati poslije podne su uzbune, kao i gotovo svake noći. Po danu se na nebu vide bezbrojni bijeli paralelni tragovi kondenzirane pare iza svakog od četiri motora američkih tzv. letećih tvrđava, koji lete na velikim visinama iz svojih baza u Italiji preko Zagreba, prema industrijskim postrojenjima i gradovima u Austriji. A istovremeno oko aviona se rasprskavaju stotine granata, koje ispaljuju protuavionski topovi tzv. bitnice prema njima. Jedna takva jaka bitnica je na Prekrižju iznad Pantovčaka. U vrijeme preleta bombardera iznad Zagreba Jerolimova obitelj je u svom podrumskom skloništu s rezervom vode, hrane, baterijom i priručnom apotekom i u strahu osluškuje, kada će početi padati bombe. No, čuju se samo tutnjava topova i rasprskavanje granata oko aviona. To je noću posebno stravično, kada je nebo iznad grada prošarano snopovima reflektorskih zraka, koje traže avione, te tutnjavom topova i bljeskovima eksplozija granata. Na sam dan fašnika 22. veljače 1944. godine u 10,30 sati prije podne Zagreb je doživio prvi pravi zračni napad.  Prigodom tog zračnog napada poginulo je 60, a ranjena 101 osoba. Srušene su 72 kuće, a teže oštećeno 155. Ukupno je bačeno 210 najtežih bombi iz 12 zrakoplova.  Bez krova nad glavom ostalo je 850 građana grada Zagreba. Štete su među ostalima pretrpjeli: Tkalčićeva ulica, franjevački samostan na Kaptolu, Tvornica ulja, zgrada Socijalnog osiguranja u Mihanovićevoj ulici i  stambeno naselje Željeznička kolonija.

          Obilazeći bombardirani dio grada najstariji Jerolimov sin donosi svoju osobnu odluku, te se dobrovoljno javlja u Narodnu zaštitu (kao jedan od najmlađih dragovoljaca), kako bi aktivno pomogao pri spašavanju ljudi u zatrpanim ruševinama. Otac ga je u toj odluci odmah podržao i pohvalio. Tako od tada za svake uzbune, dok obitelj odlazi u sklonište, Boris uzima svoju kacigu, plinsku masku, bateriju i oznaku, te trči prema Kukuljevićevoj ulici (neposredno uz sadašnji Britanski trg), gdje je bilo sjedište Narodne zaštite za zapadni dio grada, dok je zapovjedništvo bilo na Mažuranićevom trgu. Tako maloljetni Jerolimov sin, od tada pa do kraja rata sudjeluje u iskapanjima ruševina, traženju zatrpanih i raščišćavanju bombardiranih dijelova grada, posebno Črnomerca, Vrapča i Trešnjevke.

             Tijekom 1944. godine i prva četiri mjeseca 1945. godine glavni grad Hrvatske angloameričke zračne snage napale su bombama iz zraka ukupno dvadeset  i  jedan put.